В 2007 году продал автомобиль по генеральной доверенности, а мне налоговая до настоящего времени присылает платежки по налогу за автотранспорт, подскажите как отменить платежи?

Обязанность по уплате транспортного налога ставится в зависимость не от фактического наличия (отсутствия) транспортного средства, а от его регистрации в органах ГИБДД.
Начисление транспортного налога осуществляется налоговыми органами на основании данных, поступающих из ГИБДД.
Поэтому Вам необходимо, прежде всего, снять с регистрации авто, а после этого обращаться в ИФНС за перерасчетом налога.

Транспортное средство согласно договора аренды( без экипажа) работает в другом городе.Отправляем декларацию в ИМНС региона фактического нахождения ? И как вообще быть?

Уплата транспортного налога производится налогоплательщиками по месту нахождения транспортных средств в порядке и сроки, которые установлены законами субъектов Российской Федерации.
В течение налогового периода налогоплательщики, являющиеся организациями, уплачивают авансовые платежи по налогу, если законами субъектов Российской Федерации не предусмотрено иное. По истечении налогового периода налогоплательщики, являющиеся организациями, уплачивают сумму налога, исчисленную в порядке, предусмотренном пунктом 2 статьи 362 НК РФ.
Налогоплательщики, являющиеся организациями и уплачивающие в течение налогового периода авансовые платежи по налогу, по истечении каждого отчетного периода представляют в налоговый орган по месту нахождения транспортных средств, налоговый расчет по авансовым платежам по налогу.
По истечении налогового периода представляют в налоговый орган по месту нахождения транспортных средств, если иное не предусмотрено настоящей статьей, налоговую декларацию по налогу.

Привожу возможные выходы:
1. поиск покупателя или документов, подтверждающих продажу (например, расписка о получении денег),
2. если машина была передана по доверенности до 27 июля 2002 года, достаточно предоставить копию доверенности в налоговую инспекцию - и налог будет платить новый владелец (согласно ст 357 НК РФ),
3. если копии доверенности у вас не осталось или машина была продана по доверенности после 27 июля 2002 года, можно подать в ГИБДД по вашему месту жительства заявление о списании машины в утиль. Однако, в этом случае ее нынешний владелец при попытке совершить любое регистрационное действие столкнется с отказом.