Организация занимается продажей и ремонтом автомобилей. Продажа авто на ОСНО,ремонт- ЕНВД. Можно ли проводить доукомплектацию авто ( наример установка спутниковой системы) Если эта установка будет проходить через сервис,а затем списываться на увеличение себестоимости автомобиля. Соответсвенно идет и пропорциональное увеличение продажной цены авто.

Нет никаких препятствий для осуществления доукомплектации. Для Вашего бизнеса, насколько известно, вообще традиционным является понятие "продажа в базовой (или иной) комплектации". То есть изначально предполагается такая возможность. К тому же автомобиль - уникальный товар, он индивидуален настолько, что имеет массу важных идентификаторов, нпр., VIN. Известной проблемой является попытка доказать в такой ситуации производственную деятельность с тем, например, чтобы отказать в ЕНВД по факту продажи такого объекта. Но это - полный абсурд! Если вы повесите спутниковую антенну на а/м марки Х белого цвета VIN ХХХХХ, то этот а/м своих свойств не изменит, его производителем останется тот же завод, который его произвел и который будет нести издержки в соответствии со своими гарантийными обязательствами.
Для учета можно выделить два подхода в данной ситуации: 1) отражать в счете разными товарными позициями а/м + антенна, либо 2) провести специальным документом объединение товаров в 1 (Д 41 - К 10 или 41), причем наименование товара при этом измениться не должно - идентификация в конечном счете - по VINу и ПТС Вы будете выдавать на конкретный товар. Документ может быть любой - например Акт списания на комплектацию. Встречалось предложение взять специализированную форму N 38-ОТ, утвержденную Приказом Минторга СССР от 20 августа 1986 г. N 201 (код формы по ОКУД 0903092). Но в свете изменений ПБУ 1 первичные документы организация все-равно утверждает сама. Поэтому выбирайте наиболее удобный для Вас вариант, закрепляйте в учетной и действуйте. Никто не сможет оспорить Ваши действия, так как никаких нормативных предписаний на этот счет не существует.

Встречалось предложение использовать 20 счет, но в силу изложенных выше доводов это будет неверно. Есть также предложение менять наименование товара, не соглашусь, это нельзя применять для а/м, будет глупо выглядеть, т.к. ориентируемся на качественные характеристики, отраженные в ПТС.
Чтобы не было проблем, не отражайте зарплату сервиса по 41 счету. Может, это правильно с точки зрения учета, но лишние проблемы наживать по УСН в части расходов, перетягиваемых с ЕНВД смысла нет
Удачи!