Здравствуйте!
Минфин РФ выпустил недавно письма от 29.12.11 N 03-02-08/132 и от 29 марта 2012 г. N 03-02-08/31 , в которых разъясняется, что обязанности по уплате налога считаются исполненными с момента предъявления в банк поручения на перечисление в бюджетную систему Российской Федерации на соответствующий счет Федерального казначейства денежных средств. КБК относится к группе реквизитов, позволяющих определить принадлежность платежа, и в соответствии с п. 7 ст. 45 Кодекса может быть уточнен с одновременным пересчётом пени, исходя из фактического срока платежей в УФК. При этом ни о каких ограничениях в сроках уточнения КБК не говорится.

У нас при сверке расчетов с ИФНС выявилось, что в 2003-2004 гг. из-за ошибок в КБК ряд платежей по НДС были зачтены в налог на прибыль, а начисленные за это время пени уже превысили сумму самих платежей. Но наше письмо с просьбой о перезачёте этих платежей ИФНС отказалась принять, ссылаясь на ст.78 НК «7. Заявление о зачете или о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы». Т.е., налицо противоречие в налоговом законодательстве,но как из него выкручиваться не ясно….
Может быть здесь добрые люди помогут нам умным советом?

Очень плохо, что организация не следит за своими платежами. Акты сверок надо делать регулярно, это нормативное требование для бухгалтера при составлении отчетности - данные о задолженности по налогам и обязательным платежам должны быть тождественны сведениям государственных органов, сверены с ними. В свою очередь, зачет и возврат - право налогоплательщика. Но возможность его использования ограничена сроком давности, к сожалению. Поэтому Вам можно посочувствовать, судебные решения - не в пользу плательщика, причем из-за того, что в НК четко и без каких-либо противоречий дана ссылка на время для зачета. А в чем, собственно, Вы усматриваете противоречивость закона?