Организация, применяющая УСН с объектом налогообложения "Доходы", в 2009 г. приобрела автомобиль (как основное средство), а в 2010 г. продала его по той же цене. Нужно ли включить в налоговую базу для единого налога эту сумму?

Да. Исходя из положений ст.346.14 НК РФ. В том периоде когда получили деньги.

Ну тогда получается, что доход от основной деятельности мы получили однин раз, а налог на эту сумму платим дважды?

Не важно, от какой деятельности Вы получили доход, если этот доход не указан в ст. 251 НК РФ, то с суммы этого дохода вы уплачиваете налог по УСН в размере 6%. Таков смысл этого специального налогового режима.