В 1999 году была продана доля участником ООО обществу, сейчас есть небольшие судебные споры, в каком документе можно прочитать процесс обложения продажи доли в тот период, т.к. в законе о подоходном налоге ничего не удалось найти .

А там напрямую этого и не было записано.
Был пп.Т п.1 ст.3 Закона №1998-1 от 07.12.1991 г., в котором речь шла о продаже имущества и его льготировании. А доля в ООО - это не имущество, а имущественное право, т.е. льгот нет.
Значит порядок налогообложения по декларации - в доходы включить доходы от продажи доли, а в расходы - затраты на ее приобретение (документально подтвержденные).
С разницы налог по ставкам ст.6:
┌─────────────────────────────────────┬──────────────────────────┐
│Размер облагаемого совокупного до- │ Ставка налога │
│хода, полученного в календарном году │ │
├─────────────────────────────────────┼──────────────────────────┤
│До 50 000 руб. │12 процентов │
│От 50 001 руб. до 150 000 руб. │6 000 руб. + 20 процентов │
│ │с суммы, превышающей │
│ │50 000 руб. │
│От 150 001 руб. и выше │26 000 руб. + 30 процентов│
│ │с суммы, превышающей │
│ │150 000 руб. │
└─────────────────────────────────────┴──────────────
Если доля продавалась организации, то она должна была удержать налог.

спасибо, именно вопрос про вычеты и интересовал(сам не дочитал статью).
но насколько я знаю о том что доля не имущество, а имущественное право поставил точку ВС РФ в своем определении, и насколько я знаю в то время (1999) этим вычетом пользовались на доли

Насколько помню, только в НК РФ один год можно было применять вычеты (до 3-х и свыше 3-х лет нахождения в собственности), а во всех остальных случаях (в т.ч. и при подоходном налоге) при продаже долей в уставном капитале при налогообложении необходимо было включать только документально подтвержденные расходы.

То что доля не имущество указано в ст.38 НК РФ.