Добрый день, мы подавали сведения по форме 2-ндфл в ИФНС по месту нахождения обособленного подразделения. Налоговая сведения не приняла, а теперь нас штрафуют, коллеги, подскажите что делать?

Инспектор по разъяснению и Минфина и ФНС не должен был отказывать в приеме сведений. При отказе в приеме сведений Вам необходимо было получить письменный отказ налогового органа.
В случае, если у Вас нет такого подтверждения, то буде сложно отбиться от штрафа по ст.126 НК РФ (50 руб. за каждый не представленный документ). Надо было представить в налоговый орган по месту головной организации или отправить по почте. А если выплаты были более 10 чел., то на магнитных носителях.
Вообще-то эта длительная история по поводу - в какой налоговый орган подавать сведения: в ИФНС по месту регистрации головной организации или в налоговый орган по месту нахождения обособленного подразделения.
Я бы рекомендовал Вам почитать статью на сайте Подати.net - "Спорные вопросы в порядке представления сведений по форме 2-НДФЛ" (найдете через поиск).