День добрый!

Я работаю сервисным инженером в американской компании в России. Поскольку сотрудников в России только 2 человека у нас нет своей бухгалтерии. Оплата моих затрат на командировки производится через дебитную "рабочую" карту Сбербанка.
Подскажите какой и как мне нужно оплачивать налог с этих перечислений? Такая же ситуация и с зарплатой.

Т.е деньги вам перечисляют из-за рубежа?

Да. Деньги перечисляют из-за рубежа авансом.

Полученную зарплату вам нужно самостоятельно декларировать как доход в налоговой инспекции путем подачи декларации по форме 3-НДФЛ. Что касается компенсации расходов на командировки, то некоторые суммы возможно исключить из налогоообложения на основании норм п.3 ст. 217 НК РФ и ст. 212 НК РФ.